為確保《目錄》平穩有序實施，市場監管總局及時制訂配套解讀，采取“政府發布成熟目錄，企業研究創新增補”的科學動態管理模式，將功能目錄制定和新功能申請工作有機結合，系統謀劃，統籌推進。主要作了三方面改革創新：
一是科學定位，規范聲稱。保健功能聲稱，應當避免與藥品疾病治療作用混淆，堵塞虛假宣傳漏洞。如：將原有“輔助降血壓”調整為“有助于維持血壓健康水平”。保健功能聲稱表述應當更加科學嚴謹，通俗易懂，能被消費者科學認知，避免容易被誤導和誤解的絕對化表述。如：將原有“增加骨密度”調整為“有助于改善骨密度”；將“減肥”調整為“有助于控制體內脂肪”。
二是穩步推進，動態管理。根據現有功能和監管定位，對不同歷史時期批準的保健功能采取“成熟一批，納入一批”的模式。改革“保姆式”功能管理模式，配套的功能評價方法由強制性方法改為推薦性方法，鼓勵企業和社會多元主體提出新功能建議和新的功能評價方法。
三是平穩過渡，有序銜接。在政策層面，對于歷史上批準過但暫未納入保健功能目錄的，設立5年過渡期，允許企業在開展相關研究的基礎上，申請將相應保健功能納入保健功能目錄。