保健食品注冊申請材料應完整，并符合《保健食品注冊與備案管理辦法》《保健食品注冊檢驗復核檢驗管理辦法》《保健食品檢驗與評價技術規范》《保健食品注冊審評審批工作細則》等規章、規范性文件的規定。
1、注冊申請產品應具有充足的安全性、保健功能、質量可控性科學依據。注冊申請人不僅應提供科學依據的來源、目錄和全文，還應與產品的配方、工藝等技術要求進行研究比對，并按照申請材料要求，逐項對產品安全性、保健功能、質量可控性進行論證和綜述。
2、試驗及研究用樣品的來源應清晰、可溯源。樣品應經中試及以上規模工藝制備而成，生產車間應建立與所生產樣品相適應的生產質量管理體系，并保證體系有效運行。首次進口注冊申請的樣品應為在生產國（地區）上市銷售的產品。
3、提交的論證報告或研究報告等，應提供研究的起止時間、地點、研究目的、方法、依據、過程、結果、結論、部門、研發人或試驗人簽章等。屬委托研究的，還應提供委托研究合同等材料。
功效成分或標志性成分、衛生學、穩定性試驗報告為注冊申請人自檢的，注冊申請人應按照《保健食品注冊檢驗復核檢驗管理辦法》的規定，組織實施檢驗質量控制、報告編制、樣品和檔案管理等工作，出具的自檢報告應符合該辦法規定的試驗報告要求。
功效成分或標志性成分、衛生學、穩定性試驗報告為注冊申請人委托檢驗的，被委托單位應為具有法定資質的食品檢驗機構。
4、研究或試驗的原始試驗記錄、儀器設備使用記錄、中試生產記錄等原始資料，注冊申請人應長期存檔備查，注冊申請時可不作為申請材料提交。必要時，審評機構可組織對研發原始資料進行核查。
5、同一企業不得使用同一配方注冊不同名稱的保健食品。
不得使用同一名稱注冊不同配方的保健食品。
同一配方，是指產品的原料、輔料的種類及用量均一致的情形。同一名稱，是指產品商標名、通用名、屬性名均一致的情形。
6、收到不予注冊的決定后注冊申請人重新提出注冊申請的，應當使用首次申請時的產品名稱，提供不予注冊決定書復印件（加蓋注冊申請人公章），并提供重新注冊申請的理由，針對原不批準意見進行詳細的論述和說明，以及與原注冊申請材料比對和相關證明材料等，附于申報資料的首頁。
對影響產品安全性、保健功能、質量可控性的關鍵內容進行修改后重新提出注冊申請的，應當重新進行產品研發、補充研發或評估論證。